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有機食品、綠色食品、無公害食品都是安全食品，安全是這三類食品突出的共性，它們從種植、收獲、加工生產、貯存及運輸過程中都采用了無污染的工藝技術，實行了從土地到餐桌的全程質量控制，保證了食品的安全性。但是，他們又有不同點。
（一）標準不同
就有機食品而言，不同的國家，不同的認證機構，其標準不盡相同。在我國，國家環境保護總局有機食品發展中心制定了有機產品的認證標準。2000年12月美國公布了有機食品全國統一的新標準，日本在2001年4月公布了有機食品法（JAS法），歐洲國家使用歐盟統一標準ESS NO﹒2092/91及其修正方案和1804/99有機農業條例。
我國的綠色食品標準是由中國綠色食品中心組織指定的統一標準，其標準分為A級和AA級。A級的標準是參照發達國家食品衛生標準和聯合國食品法典委員會（CAC）的標準制定的，AA級的標準是根據IFOAM有機食品的基本原則，參照有關國家有機食品認證機構的標準，再結合我國的實際情況而制定的。
無公害食品在我國是指產地環境、生產過程和最終產品符合無公害食品的標準和規范。這類產品中允許限量、限品種、限時間的使用人工合成化學農藥、獸藥、魚藥、肥料、飼料添加劑等。
（二）標志不同
有機食品標志在不同國家和不同認證機構是不同的。在我國，國家環境保護總局有機食品發展中心在國家工商局注冊了有機食品標志，中國農業科學研究學院茶葉研究所亦制定了有機茶的標志。2001年國際有機農業運動聯合會（IFOAM）的成員擁有有機食品標志380多個
綠色食品的標志在我國是統一的，也是唯一的，它是由中國綠色食品發展中心制定，并在國家工商局注冊的質量人證商標。中國綠色食品的標志由三個部分組成，即上方是太陽，下方是葉片，中心是蓓蕾，正圓形，意為保護。
無公害食品的標志在我國由于認證機構不同而不同，山西、湖南、黑龍江、天津、廣東、江蘇、湖北等省市先后分別制定了各自的無公害農產品標志，其中湖北省綠色食品管理辦公室擁有的無公害食品標志已在國家工商局注冊。
（三）級別不同
有機食品無級別之分，有機食品在生產過程中不允許事業任何人工合成的化學物質，而且需要3年的過度期，過度期生產的產品為"轉化期"產品。
綠色食品A級和AA級兩個等次。A級綠色食品產地環境質量要求評價項目的綜合污染指數不超過1,在生產加工過程中，允許限量、限品種、限時間的使用安全的人工合成農藥、獸藥、魚藥、肥料、飼料及食品添加劑。AA級綠色食品產地環境質量要求評價項目的單項污染指數不得超過1,生產過程中不得使用任何人工合成的化學物質，且產品需要3年的過度期。
無公害食品不分級，在生產過程中允許使用限品種、限數量、限時間的安全的人工合成化學物質。
（四）認證機構不同
有機產品的認證由國家認監委批準、認可的認證機構進行，有中綠華夏、南京國環、五岳華夏、杭州萬泰等26家機構。另外亦有一些國外有機食品認證機構在我國發展有機食品的認證工作，如德國的BCS.
綠色食品的認證機構在我國惟一一家是中國綠色食品發展中心，該中心負責全國綠色食品的統一認證和最終審批。
（五）認證方法不同
在我國，有機食品和AA級綠色食品的認證實行檢察員制度，在認證方法上是以實地檢查認證為主，檢測認證為輔，有機食品的認證重點是農事操作的真實記錄和生產資料購買及應用記錄等。A級綠色食品和無公害食品的認證是以檢查認證和檢測認證并重的原則，同時強調從土地到餐桌的全程控制，在環境技術條件的評價方法上，采用了調查評價與檢測認證相結合的方式。
無公害食品是國家農業行政主管部門，針對當前農產品污染和食品質量安全問題在2001年提出的新概念，是指產地環境、生產過程、最終產品質量符合無公害農產品的標準，并使用無公害農產品標志的農產品。
無公害食品是把有毒有害物質控制在一定的范圍內，主要強調安全性，是最基本的市場準入標準，是以大眾化消費為主，而綠色食品，有機食品在強調安全周期，還強調優質營養，它有著特定的消費群體。
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